最近のIntellij IDEA は、プロジェクト設定ファイルに
.idea ディレクトリを生成するようになっています。

そして、インポートするときにも、build.gradleがあるプロジェクトでは自動で認識してくれます。
（./gradlew idea を叩く必要がない）

昔は、.ipr .iws .iml ファイルというものがプロジェクトディレクトリに生成されてたのですが、
./gradlew idea を叩いて、これら(.ipr .iws .iml)を先に生成してから、
IDEAにプロジェクトインポートする必要がありました。

IntelliJ IDEA プロジェクトフォーマット

• Directory based (.idea) ← 推奨
• File based (.ipr .iws .iml)

昔から両方の形式はあったけど、最近推奨が.ideaファイルになったうえに、
デフォルトでこちらの形式でプロジェクト作成 or インポートされるって事になったのかな。

単純に開くだけでOK

build.gradleを自動で認識してくれるため、
最近のIDEAを使う場合は、./gradlew idea は叩かずに、
単純にプロジェクトディレクトリを開くでインポートしてしまう方が良いです。

プロジェクトを開くときは、Directory Based でOK。（デフォルトで選択された状態）

.idea ファイルだけが、生成された状態になります。

プロジェクトフォーマット間違うと、、

./gradlew idea を叩くと、FIle based 形式のファイル(.ipr .iws .iml)が生成されます。

生成されるだけで問題なく使えればいいんですが、
Directory based 形式 (.idea) と、これらのFile based 形式 (.ipr .iws .iml) が両方ある場合、
IntelliJ IDEAがおかしな挙動をする事があります。
(あるはずのクラスが読み込めない、JDKにパスが通らないなど)

プロジェクトインポート時におかしな挙動をしている場合は、
File based 形式のファイルを削除して、インポートし直してみると良いかと思います。